Después de la desastrosa tormenta de comida en la primera película, Flint y sus amigos se ven obligados a abandonar la ciudad. Flint acepta la invitación de su ídolo Chester V para unirse a The Live Corp Company, la empresa que se ha encargado de limpiar la isla, y donde los mejores inventores del mundo crean tecnologías para el mejoramiento de la humanidad. Cuando Flint descubre que su máquina sigue funcionando y vuelve el caos, él y sus amigos deben volver a salvar al mundo.
